Volta ao Brasil em 1782. Em 1789, já no Brasil, é acusado de conspiração e cumpre 3 anos de pena na Fortaleza da Ilha das Cobras (Rio de Janeiro). Já em 1792, a pedido pessoal de D.ª Maria I, é enviado para Moçambique onde permanece.

Conhecem-se-lhe dois amores: no Brasil, Maria Doroteia Brandão, em Moçambique: Juliana de Sousa Mascarenhas.

Da obra deste poeta luso – brasileiro, salienta-se o Tratado de Direito Natural, Marília de Dirceu e também Cartas Chilenas.

Tomás Gonzaga, considerado um dos melhores escritores da época, terá falecido entre 1809 e 1810, tendo deixado uma obra importantíssima com características neoclássicas, pré-românicas e iluministas.