A 18 de Outubro de 1999 foi celebrado o Auto de Cessão do Edifício da Alfândega do Porto com o Ministério das Finanças, o qual estabeleceu a constituição de um espaço museológico dedicado à história da Alfândega.

Na Biblioteca da Alfândega pode encontrar documentos sobre a história da AMTC e, na exposição “Metamorfose de um Lugar: Museu das Alfândegas”, espólio diverso que relata a história do Edifício, das suas funções, dos objetos de trabalho que “habitaram” o lugar durante o período em que funcionou em pleno como espaço aduaneiro e do processo de renovação que possibilitou a sua atual função enquanto Museu e Centro de Congressos. No passado como no presente, a Alfândega é, por excelência, um lugar de encontro e de comunicação.

Passados 32 anos a AMTC continua a cumprir a sua responsabilidade social de comunicar com a comunidade a história e memória da Alfândega do Porto, entretanto classificada como Monumento Nacional em julho de 2023.