O culto de Nossa Senhora das Alfândegas remonta a 1507, quando, na sequência da peste que então grassava em Lisboa, os homens da Alfândega dessa cidade decidiram ir em romagem ao templo da Senhora da Atalaia, em Aldeia Galega (Ribatejo).

A peste cessou e uma tempestade no mar fez com que os barcos carregados de mantimentos destinados a outras paragens arribassem a Lisboa pondo fim à penúria de alimentos.