A sua localização na margem direita do rio Douro fez com que o transporte por via fluvial se assumisse por vastos anos como um elemento importante que sustentava o comércio e a atividade económica da região. Os barcos permitiam uma ligação ao exterior, com a chegada e partida das mercadorias que eram trazidos por navios marítimos até à zona de costa e depois transportados pelo Douro acima até à Alfândega em embarcações mais reduzidas.

Numa época em que os meios mecanizados ainda não estavam generalizados e ao alcance de todos, os carros de bois, conduzidos pelos seus trabalhadores, tornaram-se verdadeiros táxis de mercadorias, na zona em volta da Alfândega, eficazes no transporte dos produtos desalfandegados, que não só eram pesados como em grande quantidade, por todas a área envolvente da cidade.

No ano de 1888 chegou o momento de um outro meio de transporte ganhar destaque na zona ribeirinha do Porto, o comboio. O ramal ferroviário com uma extensão de 3,896 km, duas pontes e três túneis, ligando a estação da Alfândega até Campanhã, foi utilizado unicamente para transporte de mercadorias entre os dois pontos, sendo depois as mesmas remetidas para diferentes destinos a partir de Campanhã.

No interior do edifício da Alfândega os trabalhadores também tinham ajuda no transporte das mercadorias entre os diferentes espaços. As vagonetas e os carrinhos de mão, eram equipamentos simples, mas particularmente úteis para permitir deslocar, organizar e armazenar de forma rápida e eficiente os vários produtos nos respetivos armazéns.

Os carrinhos de mão, apesar da sua rusticidade eram um instrumento fulcral na vida quotidiana dos trabalhadores. Permitiam, não só, transportar pequenas cargas facilmente sem causar muita perturbação ao restante movimento de cargas, uma vez que o seu tamanho é menor, como apoiavam outras tarefas que pudessem exigir esforço físico.

Já as vagonetas, usadas igualmente para transportar mercadorias no interior do edifício, com a particularidade de suportarem mais mercadorias e sequentemente mais peso, eram quase o motor interior da Alfândega, levando rapidamente os produtos a qualquer armazém. Elas percorriam os longos carris, que há altura somavam um total de 1.360m e, ainda hoje podem ser observados nos vastos corredores do edifício. Em pontos estratégicos é também possível observar pontos de mudança de direção. Para conseguirem subir aos níveis superiores e ao inferior (furnas), usavam elevadores.

Denominados “EleKtr.Letr.Lastenaufzug Fur Die A.E.G. Thomson”, o projeto dos 2 monta-cargas interiores, um em cada ala do edifício, foi concebido em 1870, pela gigante alemã AEG em consórcio com inúmeras filiais tanto ibéricas como internacionais.

É interessante perceber como todos estes meios, tão distintos entre si, puderam coexistir no mesmo espaço. Da força do rio até à potência das locomotivas, passando pela força humana e animal, a Alfândega foi acompanhando as transformações tecnológicas e as necessidades que a indústria e o comércio assim exigiam. 

Cada veículo conta uma pequena parte desta grande história que ainda se escreve, e hoje, os testemunhos musealizados destes meios de transporte são protagonistas fundamentais num espaço que marcou profundamente a história económica e comercial do Porto e do país.